被称为“影子首相”的菅义伟在当选之初深受日本国民支持，因为受任于日本危难之际，而且出身于日本农民家庭，一定程度上使得其在情感上与日本民众的距离拉近，然而随着菅义伟上台以后进行内阁的组建，各种不同的声音也开始出现。

根据中新网在10月13日的报道，针对于日本民众对于菅义伟内阁支持的民调显示，只有55％的人支持其新内阁，而在过去，这一支持率是62％，对于菅义伟所组建的新内阁持反对看法的人正在大量增加。

受到“学术会议风波”的影响，日本网民对菅义伟内阁的不满上升。据日媒报道，10月11日开始，多个有关学术会议任命的话题登上日本社交媒体的热搜榜，“菅义伟下台”、“14万人署名要求撤回决定”等话题被不断热议，菅义伟政府陷入上任以来的首次舆论危机。　　

不过，舆论认为菅义伟可能成为日本又一个“短命首相”的情况应该并不会发生。据NHK报道，日本最新民调显示有55%的受访者表示“支持”菅义伟内阁，虽然支持率与上月相比下降了7个百分点，但仍然超过半数，反映菅义伟内阁的民众认可度依然相当高。

正如过去安倍晋三过去赏樱花邀请山口组成员给日本民众留下了不好的印象，菅义伟新内阁部分成员人品不值得信赖也使得日本民众对新的一届政府有所不满，而最终使得民众的不满爆发的则是其拒绝了6名日本学者参与相关的学术会议，这也成为了将菅义伟推到舆论中心的导火索。

尽管菅义伟在第一时间作出解释，表示这仅仅只是因为为了更好地利用日本政府的预算，一切的行为都符合法律法规，但是日本的学术机构、学者以及民众都认为这是菅义伟政府不尊重学术独立性，影响了学术自由。

尽管这一次事件同日本尊重学术自由的风气有关，但是显然，由于疫情对日本的持续冲击，不仅是在经济层面给日本民众造成了不小的打击，在精神层面，也给日本民众带来了一些影响，正如美国反种族歧视游行一般，大量的日本民众也一下子找到了发泄口，心中的阴翳都被这一次的事件诱发了出来。　　

作为特殊时刻上台的首相，菅义伟需要面临更多严峻的挑战，随着日本民众对其内阁的不信任，其今后的各项政策实施都将会难度大增。